El Convento de San Francisco es una de las mayor antigüedad de la ciudad, fue fundado en 1529 bajo el nombre de Inmaculada Concepción por Fray Toribio de Benavente eclesiástico de la orden Franciscana, conocido como “Motolinia” por su vida sencilla y pobre.

Esta construccion colonial tiene tanto el techo del convento como el del antiguo templo enexo son de varas de madera y caña de Castilla y las tejas son de barro. Ademas tiene una fachada que parece una doble balaustrada colosal con frente eclesiástico y sólo el escudo franciscano en el frontón habla de religión. Las campanas se encuentran en una sencilla espadaña (un campanario de una pared con huecos para los objetos metálicos), que se separa de la fachada (muy a lo nicaragüense) con la altura de su cornisa.

Lo único que se conserva intacto de la época colonial, es: el atrio, gradas y los muros exteriores del Convento Franciscano al que pertenecían. De las imágenes que existen en la iglesia en la actualidad, cuatro se destacan por su calidad artísticas y antigüedad: la Virgen del Rosario, es la imagen más antigua de la ciudad (del siglo XVI), el Cristo Crucificado (llamado Señor del Rosario, siglo XVII) San Antonio (siglo XVIII), la Virgen Dolorosa, antiguamente perteneció a la Parroquia, la actual catedral.

La iglesia fue recién remodelada utilizando solamente materiales originales para preservar sus características arquitectónicas.

Con la expulsión de las órdenes religiosas por el presidente de la Confederación Centroamericana, en el 1835 hospedó la primara Universidad de Nicaragua, hasta el 1867-68 cuando vuelve a las originarias funciones de Convento.

Muchas de sus riquezas arquitectónicas las podemos admirar en los siguientes salones:

Salón de las estatuas encontradas en la isla Zapatera, fuera hecho por las poblaciones pre-Colon entre el 800 y el 1200 d.c.

En otra sala hay material que describen la condición de las mujeres entre el 1700 y el 1800, temporada donde solamente las mujeres podían entrar en los mercados y como moneda se utilizaba la semilla de café.

En otra sal hay una colección de estatuas de madera de estilo religioso bien decorado y pintado, regalados por los reyes de España a la autoridad religiosas y políticas de Granada al tiempo de la colonia.

En otra sala se puede admirar unas pinturas aceite sobre tela de la escuela Naif de Solentiname hechos por lo mejores artistas Nicaragüenses. Esto tipo de pintura es todavía practicada por muchas personas en el archipiélago de Solentiname.

La iglesia y contiguo museo se encuentran la calle paralela a la Calzada, una cuadra del parque central. La iglesia es de color azul y un poca màs alto del nivel de la calle as que se puede ver de lejos.

El museo de San Francisco se encuentra a lado de la iglesia y esta abierto de 8:30 hasta las 17:30 de lunes a viernes, y en el fin de semana de 9:00 a 16:00. El boleto vale 2$ para los extranjeros, 12 C$ para los nacionale y 5 para los niños. Hay guía que hable español y engles.