Aunque no sea muy profundo, entre los 20 y los 60 metros, se presta para la navegación gracias a la conección, por el lado oriental con el océano Atlántico a través del Rio San Juan, rio navegable por todo su curso; por el lado occidental solamente 18 Km de tierra lo separano del océano Pacífico. Por eso varias veces se consideró la oportunidad de conectar los dos Océanos a través de Nicaragua
El lago Cocibolca tuvo el momento de mayor importancia en la temporada de la corsa al oro, mucha gente bajaba de la costa Este del los Estados Unidos hasta las costas de Nicaragua, subía el Río San Juan, cruzaba la lengua de tierra que los separaba del Océano Pacífico y de San Juan del Sur donde los esperaba otro barco para terminar el viaje en California.
En el interior del lago surge una de la isla lacustre más grandes del mundo, la isla de Ometepe.
Por el lado merional,limita con Costa Rica donde está ubicado el parque natural lagunero de los Guatuzos que puede ser visitado en botes o lanchas.