La Catedral según la concepción cósmica, se encuentra dividida en tres plantas: el inframundo (planta inferior), el mundo (planta media) y el cielo (planta alta). En la planta inferior se encuentran los siete sótanos que desde su construcción hasta la fecha han servido de criptas ocultas a la feligresía.
Entre la nómina de sepultados dentro del templo se encuentran obispos y sacerdotes de la Diócesis, como Simeón Pereira y Castellón, Obispo de inicios del siglo.Asi mismo dentro de la Catedral se encuentran los restos del inmortal del Padre de las Letras Castellanas, Rubén Darío del músico José de la Cruz Mena.
En la planta media se encuentran las cinco naves de la Catedral con sus respectivos altares laterales y el altar mayor. En sus paredes se expone la Vía Sacra, los antiguos confesionarios y el coro de Cordobés.
La planta alta consta de cinco terrazas que, según Julio Valle Castillo rapresentan el barroquismo más puro, resguardado por cien perillas o pináculos y 34 cúpulas cupolines de 6 metros de diámetro, como efecto superior externo de las bóvedas que constituyen el mayor conjunto y uno de los mejores ejemplos de la arquitéctura barroca de Centro América.
Desde esta planta los visitantes no sólo aprecian las cúpulas, los picos, los barandales y linternillas de la Catedral, sino también, las iglesias, tejados y casas coloniales del centro histórico, y más allá del límite del casco urbano los catorce volcanes de la Cordillera de los Maribios.