Les pétroglyphes commencaient autour de l'an 300 de notre ère avec l'élaboration des premiers calendriers. La qualité des rochers dans lesquels ils furent gravés permet que nous pouvons les voir encore aujourd'hui. A cette époque les artistes aborigènes gravèrent les pierres de cette île avec leurs ciseaux en silex ou à l'obsidienne.
Avec ces glyphes les indigènes exprimèrent leurs idées et croyances ce qui nous permet de déduire que nos ancêtres Chorotegas et Niquiranos avaient un degré d'organisation et de culture très avancé. Beaucoup d'amateurs et de chercheurs ont interprêté nos pétroglyphes comme symboles religieux selon les formes. Les formes géométriques ont été mis en relation avec les astres, les dessins antropomorphes et zoomorphes avec les Dieux, les cercles et spirales avec l'éternité et le passage de l'être humain dans cette autre dimension.
Les sites sur l'île Ometepe où on trouve ces pétroglyphes sont: San José de San Marcos où on peut admirer l'aigle avec ses ailes déployées, dans la ferme San Antonio, exactement à la pointe qui rejoint l'eau, on trouve plusieurs en forme de cercle, de spirale, de carré et de réctangle.
A Altagracia, dans la maison de Monsieur Domingo Guttiérrez(du temple évangélique Siloé, un pâté de maisons vers l'orient) se trouve une pierre avec des signes X et des croix charactéristiques du culte du Soleil. Ces rochers étaient des lieux de sacrifices humains.