Dove il Río San Juan si congiunge con il Río Indio e assieme sfociano nel mar dei Caraibi sorge la cittÀ di San Juan del Norte. Al tempo della occupazione Inglese la cittadina si chaimava Greytown.
In essa vive una delle popolazioni più antiche del Nicaragua, ed è stata una città di grande importanza storica, passo obbligatorio per accedere dal mar dei Caraibi al Río San Juan e di conseguenza al Lago Cocibolca.
A San Juan del Norte si possono affittare barche con o senza guida per visitare i dintorni della città, tra gli altri si consiglia di effettuare una escursione alla bellissima Laguna Azul, un posto molto bello dovo si potrá fare un gradevole bagno nelle sue acque tranquille e gustare la esuberante naturalezza della selva tropicale.
Nel 19 secolo si iniziò a dragare il Rio San Juan per realizzare un canale che doveva congiungere l'Oceano Atlantico con il pacifico ma poi, per ragioni politche, fu preferita Panama.