La città di Granada fu fondata fra Xalteva e il Cocibolba o il Grande Lago Nicaragua dal conquistatore spagnolo Francisco Hernandez de Cordoba nell'anno 1524, creando uno degli insediamenti coloniali più antichi del continente Americano.

A quei tempi nei dintorni di Xalteva abitavano i chorotegas, una tribù di indios guerrieri ed artisti con profonde conoscenze di astronomia, botanica e medicina La provincia indigena aveva il nome di Nequecheri.
Come sostiene lo storico nicaraguese Jorge Eduardo Arellano all'inizio la città di Granada si distingueva per la varietà di elementi architettonici e come punto di partenza per le successive esplorazioni.

Queste esplorazioni portarono alla creazione di una via fluviale per l'Atlantico che segnò il destino storico e geografico di Granada facendola diventare un importante porto. Questo fu parte del suo splendore e tragedia.

Il poeta e giornalista nicaraguese Pablo Antonio Cuadra chiama Granada la città-sirena, perché una parte è costituita dal centro urbano e l'altra parte aperta guarda al Gran Lago o Mar Dulce come lo battezzava Gil Gonzales Devila, uno dei primi esploratori spagnoli nel 1523.

Durante il periodo coloniale, Granada diventa uno dei più importanti porti commerciali del Centro America e la città viene ricostruita secondo le più rigide regole della tradizione architettonica spagnola con la Gran Plaza e lo Podere al centro della città.

All'inizio del XVII secolo il culmine del commercio fa di Granada un importante città. La città gemella di Granada , Leon di Nicaragua nel 1610 fu distrutta dall'eruzione del vulcano Momotombo, in seguito a questo Granada divenne ancora più importante mano a mano crescevano le piantagioni di tabacco e cacao.

Granada era in commercio con Cartagena, Guatemala, San Salvador, Panama e Perù. L'incremento del commercio per la rotta del Gran Lago e del Rio San Juan, le rivalità tra Spagna Inghilterra, Olanda e Francia fecero di Granada una vittima di attacchi di pirati che devastarono la città. Così il 29 Giugno del 1665 Jean David pirata Jamaicano saccheggiò la città senza incontrare resistenza.

Ei pirata Gallardito, alcuni anni più tard1, nen 1670, atacca nuovamente Granada burlando le difese spagnole. Contro tali attacchi le autorità coloniali costruirono El Castillo de la Imaculata Concepcion nel Rio San Juan nell'anno 1675. El Castillo servì per difendersi dalla pirateria y dagliIngleses che pretendevano impadronirsi della via di comunicazione. Nonostante la fortificazione il pirata Frances William Dampier saccheggia e incendia la città l' 8 Aprile1685.

I terremoti che si verificarono in quegli anni causarolo l'innalzamento del letto del Rio San Juan in alcuni punti del suo corso causando l'interruzione delle comunicazioni tra il Lago Cocibolca l' Oceano Atlantico causando gravi danni all' economia di Granada. nel 1749, Luis Diez Navarro construì la fortezza della Polvora all'entrata di Granada e nel 1789 fu realizzato il fortino sulla Costa del Lago e la fortezza San Pablo su una delle Las Isletas.

All'inizio del secolo XIX, la città coloniale mantiene un regolare e profiquo commercio con le Antille, lo stesso periodo è si caratterizza anche per brevi periodi di AUGE inframezzati a movimenti armati, primo contro l'impero Spagnolo (1812) e successivamente, nel 1823, contro il governo Messicano. I movimienti politici per l'indipendenza furono soffocati dalle autorità della Colonia spagnola. Negli anni successivi, i criolli che se disputavano il potere nel nuovo stato portarono il popolo del Nicaragua alla guerra civile che iniziò nel 1824 e terminò nen 1828.

Nel 1854 una nuova guerra civile oppose Granada alla città di León che asediò Granada per nove mesi, alla fine Fruto Chamorro liberò Granada. La guerra civile proseguì fino al 1857, il popolo Nicaraguense si affrontò fino a condurre il el paese a una vera Guerra Nazionale. A questo punto furono assoldate forze nordamaericane per combattere a favore dei liberali; questi soldati furono chiamati filibustieri perchè erano sbarcati in Nicaragua allo steso modo dei pirati piratas e dei corsari.
il 22 Novembre del 1856 il filibustiero Henningsen incendia la città de Granada causando enormi danni agli edifici, le truppe di William Walker, prima di ritirarsi da Granada scrissero queste parole "Here was Granada", aquì fué Granada. Dopo la Guerra Nazionale in Granada cominciò la ricostruzione servendo, alllo stesso tempo, come sede della capitale politica fino 1893, quando perde la sua egemonia politica a causa di una revoluzion liberale comandata dal Generale José Santos Zelaya.

Durante lo que se llama el periodo de los treinta años de los goviernos conservadores, los adelantos en materia de edificaciones e infraestructura fisica, aparte de resarcirse en términos comerciales son modernizantes y llevados a acabo por los gobernantes conservadores. Distinguida como ciudad conservadora Granada ha sido protagonista de lucha politica entre conservadores y liberales en un pugna historica que ha producido lo que se denomina "paralela històrica", en la conquista de poder.
Entre los logros de los gobiernos conservadores el alumbrado publico (1872) el telegrafo (1875), el telefono (1879), agua potable por cañeria (1880), el ferrocarril (1886) con su Estacion restaurada en los ultimos años, el mercado y el parque Colòn (1892). Por su belleza que hacen de esta ciudad una perla de la arquitetura colonial, llaman su ciudad "La Gran Sultana". Este nombre fue utilizado por primera vez en 1882 por la escritora española Baroesa de Wilson cuyo nombre era Emilia Serrano Garcia del Tornell.