Nonostante non sia molto profondo, dai 20 ai 60 metri, ha da sempre costituito una importante via di comunicazione grazie al collegamento con l'oceano Atlantico attraverso il fiume San Juan e alla vicinanza all'oceano Pacifico, sul lato occidentale infatti un lembo di terra di soli 18 Km lo separa da questo Oceano.
Per questo vaie volte si è considerata l'opportunità di collegare i 2 oceani attraverso il Nicaragua prina in alternativa, poi in aggiunta, al canale di Panama.
L'apice dell'importanza lo ebbe ai tempi della corsa dell'oro in california quando molte persone scendevano dall'est degli Stati Uniti sino alla costa Nicaraguense per poi risalire il fiume San Juan arrivare al Cocibolca e attraversare a piedi il lembo di terra che lo separa dal Pacifico dove lo aspettava un'altra imbarcazione che li avrebbe portati alla destinazione finale: la California.
All'interno del lago Cocibolca sorge la più grande isola lacustre del mondo, l'isola di Ometepe, nelle sue coste meridionali, ai confini con il Costa Rica, si trovano l'arcipelago di Solentiname e il Parco Naturale lacustre de Los Guatusos visitabile con piccole lance.