Nel corso della sua esistenza il vulcano ha sofferto vari crolli che ne hanno modificato la conformazione. Attualmente possiede due grandi crateri a forma di serratura formati dal crollo delle sue pareti che distrussero il cono nella parte nord-est e sud.
Il terreno scosceso del lato Nord-est del vulcano fu originato da una valanga che formò quello che oggi si conosce come la penisola di Aserse e Las Isletas di Granada. Sul lato nord del vulcano, posizionati sulla barte bassa della stessa, si trovano due piccoli coni ben conservati.
L'unica attività storica del Mombacho di cui si ha documentazione scritta risale all'anno 1570, quando una valanga distrusse un villaggio indigeno di 400 abitanti che sorgeva sul lato Sud del vulcano.