L’attuale municipio di San Juan de norte, nel 1538 era sotto il dominio spagnolo, il suo rappresentante era Rodrigo Contreras. In quest’epoca la parte importante del territorio ere la stessa di adesso e veniva chiamata San Juan. Il nome ebbe origine da una delle barche della spedizione dei capitani Machuca de Suazo y Calero, esploratori del “Desaguadero”.
Durante la dominazione spagnola San Juan si rese indipendente commercialmente, il che gli permise di essere chiamata, nel 1796, Puerto Libre. Aveva cioè le stesse prerogative di Omoa in Honduras e Santo Tomàs de castilla in Guatemala.
Senza dubbio i privilegi di Porto Libre di San Juan non durarono
molto tempo, i mosquitos e gli zambos abitanti
della costa atlantica nicaraguese invasero l’estuario del
Rio San Juan per bloccare le imbarcazioni spagnole che arrivavano
alla baia.
Nell'anno 1839 con l’apertura del canale di Panama, il re dei Miskitos concesse agli inglesi il diritto si esportare il legno in grandi estensioni di terra della Costa Atlantica che comprendevano il territorio del Rio San Juan. Questo permise alla Gran Bretagna di aspirare alla costruzione del canale interoceanico che attraversava il Nicaragua passando per il Rio San Juan.
Il primo gennaio del 1848 gli inglesi occuparono militarmente il vecchio Rio San Juan possibile porta del canale interoceanico. Poco prima il re Mosco gli aveva cambianto nome da Rio San Juan a Greytown in omaggio al governatore della Giamaica, Charles Grey.
Greytown divenne così un vero e proprio Puerto Libre con il proprio governatore locale e con le rappresentanze diplomatiche di vari paesi.
il 15 marzo del 1854 San Juan fu distrutta dalla fregata Cyane della marina da guerra degli Stati Uniti. Questo episodio ebbe origene dalla morte di un Nicaraguense che viaggiava in una canoa inverstito dalla barca nord Americana routh dove viaggiava il Ministro degli Stati Uniti Slon Borland. Di fronte a questo episodio la policia di San Juan volle arrestare il capitano della nave Nordamericana, il ministro si oppose all'arresto. La popolazione locale apoggiò l'operato della polizia causando un tafferuglio dove rimase ferito il ministro Borland.
Il governo Statunitense protestò vivamente e chiese un risarcimento molto superiore al danno valutato e minacciò che se la somma non veniva versata entro 24 ore si vedeva obbligato a distruggere la città. E così il 13 luglio 1854 il porto di San Juan, che contava allora circa 80 case, fu distrutto completamente.
Il 22 Novembre del 1860 il porto diventò uno dei più importanti centri commerciali della regione e il 20 Febbraio 1861 riesce a ottenere la approvazione del regolamento con caratteristica di Costituzione Poitica dell ciità e porto di San Juan.
Attualmente troviamo nel territorio di San Juan del Norte come patrimonio storico municipale 5 cimiteri que furono costruiti dalla popolazione del luogo nel 1860. Troviamo un cimiteri Inglese, uno Spagnolo, uno Mormone, uno Nord Americano e uno Criollo.
Nel 1983 San Juan del Norte soffrì un'altra distruzione a seguito della guerra di quell'epoca, la magior parte della popolazione emigrò in Costa Rica e una miniranza a Managua, Granada e Bluefield. Nel 1990 si iniziò la ricostruzione del nuovo San Juan dl Norte con 30 famiglie rimpatriate.