Nel Parco Nazionale Volcan Masaya si nota un ritorno alla vita dopo i profondi cambiamenti causati dalle eruzioni. Lentamente la pietra sterile ancora consente la vita alla vegetazione pioniera che, a sua volta, facilita la vita alla vita silvestre più complessa.

Nella stagione secca, il Parco si copre di migliaia di fiori aromatici e vistosi, incluse molte specie di orchidee e il fiore nazionale Nicaaguense, il SANCUANJOCHE.

Tra la fauna del Parque Nacional Volcan Masaya, si trovano coyote, Gatto ostoche y Gatto culumuco, animali che popolano la vita notturna del parco. Il parco è abitao anche da cervi, conigli, iguane e scimmie.

I Chocouyos con la coda trovano rifugio tra le pareti del cratere nonostante le emanazioni dei gas tossici che pare non intacchinao la loro salute. Altri uccelli che abitan nel parco sono Urracas, Tortolitas, Gavilanes, Guises, Pajaros Carpinteros, Chachalacas y Pocoyos.