Il río San Juan, data la sua importanza come via di accesso all'interno del paese sin dai tempi della colonizzazione, è stato testimone di molti avvenimenti storici. Fù anche sul punto di divenire un canale interoceanico, grazie alla sottile striscia di tierra che separa il Lago de Nicaragua del Océano Pacífico, solo all'ultimo momento fu preferita Panama.
Il fiume San Juan scorre per 200 Km portando le acque del lago Cocibolca sino al mar dei Caraibi. In alcuni tratti il fiume scorre ampio e sereno mente in altri la portata ritorna torrentizia dando origine a vere e proprie rapide. In più punti si incontrano isolotti ricoperti da una folta vegetazione. Dal lago sino al paese di El Castillo il fiume è ampio e le rive sono popolate, proseguendo verso il mare l'acqua diventa più vorticosa e le rive si fanno più selvagge e solitarie.
Dalla confluenza del suo affluente, il fiume San Carlos, sino alla biforcazione, il fiume si fa ampio e maestoso con vari tratti rettilinei fiancheggiati dalla selva tropicale (la riserva Indio- Maiz). 25 Kilometri prima del suo sbocco nel Caribe il letto si divide in più rami originando un delta pantanoso in mezzo al quale si sono formate numerose lagune, la princiale è la laguna di San Juan del Norte anticamente chiamata Gretown Bay.